Po wielkim pożarze miasta w 1291 roku kościół odbudowano, jednak już w stylu gotyckim, jako trójnawową bazylikę. Kościół był świadkiem starć na tle religijnym w 1581 roku, kiedy to protestanci przejęli farę. Ostatecznie sprawa własności świątyni została rozwiązana dopiero w trakcie wojny 30-letniej, kiedy to dragoni Lichtensteina siłą wypędzili protestantów z fary. Ta wojna doprowadziła do poważnych zniszczeń świątyni. Po jej zakończeniu nastąpił okres długotrwałej odbudowy, który przeciągał się aż do 1677 roku. Powstała wówczas w jej wnętrzu kaplica loretańska, czyli święty domek, na wzór Domku Świętej Rodziny z włoskiego Loreto. Kolejnego zniszczenia kościół doświadczył w 1758 r. podczas wojen śląskich. W ruinach przez pewien czas mieścił się wojskowy magazyn mąki i soli. Później kościół był jedynie remontowany na bieżąco. Ostatnie takie prace przeprowadzono w latach 30-tych XX wieku.
II wojna światowa przyniosła największe jak dotąd zniszczenie kościoła. Do dnia dzisiejszego fara stoi w ruinie. Domek loretański także nie jest w najlepszym stanie, jednak jako jedyna część kościoła, a właściwie samodzielny obiekt w obrębie kościoła, jest on zadaszony i zabezpieczony przed dalszą degradacją. Wnętrze pozostaje zaniedbane.